L’antibiotico di Neanderthal: AI e medicine dagli estinti

Una delle frasi sull’intelligenza artificiale che mi ha più colpito l’ha detta, anzi, l’ha scritta, Dario Amodei, il fondatore di Anthropic, nel suo saggio The Adolescence of Technology e dice che l’intelligenza artificiale sarà in grado di comprimere un secolo di progresso scientifico in dieci anni, cambiando l’evoluzione della specie umana.

Mi aveva colpito, ma forse l’ho capita davvero solo quando ho conosciuto il lavoro di uno scienziato.

Si chiama César de la Fuente, lavora a Filadelfia, negli Stati Uniti, in un laboratorio dell’Università della Pennsylvania che si chiama Machine Biology Group, un gruppo che fa biologia con l’intelligenza artificiale.

Sugli schermi del laboratorio non scorrono però le analisi di un paziente di oggi; César de la Fuente letteralmente cerca nuove medicine tra i morti; anzi, tra gli estinti.

César de la Fuente è nato nel 1986 a La Coruña, in quella regione della Spagna che si affaccia sull’Atlantico, la Galizia. Lui racconta di non essere mai stato un bravo studente; imparare a memoria lo annoiava, ma di curiosità ne aveva tanta, quella non gli è mai mancata. Da bambino andava in spiaggia a raccogliere pesci e piccoli organismi marini per portarseli a casa e studiarli; la scienza, per lui, è iniziata così, sulla spiaggia davanti casa. César ha sempre pensato in modo differente, ha sempre guardato alle cose da un angolo particolare.

Già da ragazzo fa una cosa che ci fa capire la sua creatività scientifica. Prende i grandi problemi del mondo e li mette tutti insieme, fa un elenco, poi lo ordina, ma non li mette in fila per gravità: li mette in fila dal più povero al più ricco, diciamo. Fa una classifica in base a quante risorse economiche il mondo assegna a ciascun problema, a quanti soldi ci spende.

In cima a quella classifica, dimenticata da tutti e senza investimenti in ricerca, c’è la resistenza antimicrobica. César de la Fuente ha trovato nuovi antibiotici nascosti nel DNA dell’Uomo di Neanderthal. Ma ci arriviamo dopo, perché prima di capire cosa cerca e dove lo cerca, dobbiamo sapere perché lo cerca, qual è la posta in gioco nella sua ricerca.

La posta in gioco

La resistenza agli antimicrobici è, a mio avviso, una delle più grandi minacce esistenziali che l’umanità si trova ad affrontare.César de la Fuente, Lexicon IE, ep. 60

È una minaccia di cui si parla poco, ma qualcuno a dire la verità la nomina da anni: Bill Gates per esempio è tornato più volte sul tema.

Si tratta, appunto, dei batteri che imparano a resistere agli antibiotici; è importante perché ogni volta che un farmaco smette di funzionare su un ceppo di batteri, un’infezione che prima si curava con una semplice compressa torna a essere pericolosa, non solo, una pandemia da batteri resistenti sarebbe incontrollabile.

Perché succede? È l’evoluzione, quella di Darwin, solo accelerata da noi. Quando usiamo un antibiotico uccide quasi tutti i batteri; quasi tutti, non tutti. I pochi che resistono, magari per una piccola variazione nel DNA, si moltiplicano e passano il “trucco” genetico agli altri.

Noi questo ciclo di selezione darwiniana glielo facciamo ripetere di continuo: ad esempio negli allevamenti, dove gran parte degli antibiotici del mondo finisce in animali sani; ma anche negli ospedali, dove si concentrano i malati e le dosi più alte di farmaci. È lì che nascono i superbatteri del telegiornale, l’MRSA e la Klebsiella: si evolvono negli ambienti più ostili e diventano più forti.

I dati più recenti pubblicati su The Lancet parlano di quasi 5 milioni di morti l’anno associate alla resistenza; nel 2050 potrebbero arrivare a otto milioni. De la Fuente sul problema ha scritto, nel 2025, un saggio su Physical Review Letters firmato con il collega del MIT James Collins: rischiamo un’era post-antibiotica, un mondo in cui un graffio infetto può uccidere come nell’Ottocento.

Cosa cerca, e dove

Ecco, ora possiamo capire cosa cerca César de la Fuente: nuovi antibiotici, inediti, che i batteri non conoscono e per i quali non sono allenati.

Cercarli, però, è un mestiere che quasi nessuno vuole più sobbarcarsi: le grandi case farmaceutiche si sono fatte da parte, perché un antibiotico nuovo pare non sia un buon affare, lo usi per pochi giorni e poi lo tieni chiuso in un cassetto per le emergenze.

È esattamente il problema che quel ragazzino di La Coruña aveva individuato in cima alla sua lista: un problema grave, ma su cui nessuno vuole metterci dei soldi.

De la Fuente capisce che bisogna cercare ovunque, ma sa anche che è un compito sovrumano; allora addestra le macchine a cercare.

Il suo strumento è un’intelligenza artificiale che chiama APEX,

Non ho avuto nemmeno il tempo di andare a prendere un caffè. Nel giro di circa un’ora, l’algoritmo aveva già completato l’intera esplorazione.César de la Fuente

in circa un’ora questa AI passa al setaccio tutte le proteine del corpo umano dove possono trovarsi dei precursori degli antibiotici, e le proteine sono più di quarantamila, un lavoro che senza tecnologia avrebbe richiesto anni.

Cerca nel genoma umano e ci trova difese nascoste, piccole armi che i nostri corpi custodiscono da sempre.

Cerca poi nel veleno dei serpenti, in quello delle vespe, in quello dei ragni.

Cerca perfino nella vita microbica che non sappiamo coltivare, quella che i biologi chiamano materia oscura, e ne ricava quasi un milione di nuove molecole, che poi regala a tutto il mondo lasciandole ad accesso libero.

La de-estinzione molecolare

Riportando in vita molecole risalenti a migliaia o centinaia di migliaia di anni fa, crediamo di poter disporre di un arsenale più efficace contro i patogeni contemporanei.César de la Fuente

De la Fuente fa una cosa che nessuno aveva mai fatto: smette di cercare tra i vivi e cerca tra i morti, tra gli estinti.

Chiede all’algoritmo di leggere il codice genetico di specie estinte da decine di migliaia di anni e di cercarci dentro molecole capaci di uccidere i batteri di oggi.

La chiama de-estinzione molecolare. La cosa incredibile è che funziona. Dai Neanderthal, i nostri cugini scomparsi, il suo gruppo isola dei candidati antibiotici e li battezza neanderthalin. Dal mammut, ricava il mammuthusin. Da antichi parenti degli elefanti, tira fuori l’elephasin.

Sintetizza in laboratorio questi nuovi antibiotici e li prova su topi infetti. I migliori, come mammuthusin-2 ed elephasin-2, reggono il confronto con la polimixina B, un antibiotico di ultima linea, quello che si tira fuori quando gli altri non funzionano più. Fermiamoci un attimo, perché qui, almeno nella mia testa, si apre un loop temporale da film di Nolan.

Pensate al viaggio di una sola di queste molecole: si forma nel corpo di un Neanderthal, sparisce con lui quarantamila anni fa e resta chiusa dentro una sequenza genetica per tutto quel tempo, oggi una macchina la va a ripescare e la trasforma in un antibiotico che salverà qualcuno che non è ancora nato. Il passato che arriva a curare il futuro; una specie estinta che soccorre proprio la specie che le è sopravvissuta, la nostra.

Crediamo che, confrontando le molecole lungo l’intera storia evolutiva, sia possibile innanzitutto conoscere meglio il nostro passato e il nostro presente e, forse, contribuire a prevedere il futuro.César de la Fuente, Lexicon IE, ep. 60

I prioni, antibiotici dentro le proteine della paura

Ecco, se cercare antibiotici dentro un mammut vi è sembrato strano, non è finita. A giugno 2026, su Nature Microbiology, il gruppo di de la Fuente pubblica un lavoro che ribalta la scienza.

I prioni: forse li avete sentiti nominare come il male assoluto della biologia, le proteine mal ripiegate dietro malattie del cervello rare e sempre mortali, il morbo della mucca pazza. Proteine che abbiamo imparato a temere. La stessa AI, APEX, ha setacciato milioni di frammenti genetici dentro quelle proteine della morte, e ne ha tirato fuori una classe di nuovi candidati antibiotici, quasi milleduecento molecole: li chiamano prionins.

Ci sono due di questi antibiotici che sono i più promettenti, uno preso da un fungo e uno da un piccolo verme, il nematode. Ora vengono messi alla prova, vengono sperimentati sui topi contro l’Acinetobacter, uno dei batteri più temuti negli ospedali. I due prionins funzionano, con un’efficacia paragonabile ai migliori antibiotici oggi disponibili. Il co-primo autore della ricerca, Marcelo Torres, ha commentato i risultati con una frase interessante. Dice che è nel momento in cui una di queste molecole guarisce un animale in laboratorio che cambiano davvero le cose, la ricerca smette di essere un esercizio al computer e diventa reale. È qui il punto: l’algoritmo può restringere la ricerca su milioni di frammenti promettenti a una manciata di nomi, ma quei nomi restano ipotesi, finché non c’è un corpo, vivo, che smette di ammalarsi. Qui va detto con chiarezza: nessuna di queste molecole è ancora un farmaco. Siamo ai topi, ai primi esperimenti; la strada verso un paziente è lunga, Ma la direzione è nuova.

La macchina del tempo ha la forma di un uomo

Torno ad Amodei, e a quell’idea che all’inizio non avevo capito fino in fondo. La potenza vera di questa intelligenza artificiale, nelle mani di un uomo come de la Fuente, non è produrre di più o andare più veloci. È andare a cercare la vita esattamente dove abbiamo smesso di cercarla: nei morti, negli estinti, perfino nelle proteine che ci fanno più paura. Ripenso a quel ragazzino di La Coruña che sulla spiaggia raccoglieva quello che gli altri non notavano. Non è mai cambiato: continua a guardare dove nessuno guarda. Da bambino sognavo la macchina del tempo, me la immaginavo come un’astronave che risale le epoche. Adesso lo so che esiste davvero: solo che non ha la forma di un’astronave, ha la forma di un uomo che torna indietro di quarantamila anni e riporta una medicina per chi deve ancora nascere. Allora mi chiedo chissà quante delle cose che ci servono in realtà le abbiamo già, e non le vediamo solo perché continuiamo a guardare dove guardano tutti.